全国各地より震災直後から救援の医療班が交通事情の悪い中をかけつけ、被災地に点在する避難所での医療を支援した。1月23日には厚生省現地対策木部が設置され、それを期にボランティアその他一切の医療従事者の派遣申し出については同本部において受け付け、避難所救護センター等で必要な医療従事者を要請に応じて派遣する一元的な管理体制がとられした。避難所救護センター、救護所は1月22日から順次設置していった。避難所救護センターは1月29日－2月1日には最高14か所、救護所は2月2日－2月6日の問に最高となり、147か所に達した。（表1～3）
医療内容は初期の外傷から慢性疾患へと順次移行すると共に診療件数は減少して行った。同時に、地域医療機問の復活等、医療環境の変化に応じて、可能な所からかかりつけの医療機関に役割が引き継がれて行き、3月末をもって神戸市に常設救護所を2か所残すほかはすべて終息した。